Baalsrud llegó al Reino Unido en 1941, donde se integró en la Compañía Linge, formada por noruegos que combatían junto con los Aliados. En 1943, se le encargó, junto con un numeroso grupo de comandos, una peligrosa misión, consistente en destruir una torre de control del tráfico aéreo de la Luftwaffe, a la vez que se le encargaba que reclutase a nuevos miembros para el movimiento de Resistencia noruego.

La misión se vio comprometida cuando él y sus compañeros, buscando un contacto de confianza con la Resistencia, por casualidad entraron en contacto con un civil que los traicionó a los ocupantes nazis de Noruega.

Jan fue el único de los soldados que logró escapar de los alemanes, huyendo durante aproximadamente tres meses en los que sufrió congelación y ceguera causada por la nieve, viéndose obligado a amputarse nueve dedos de los pies para frenar la extensión de la gangrena que sufría.

Posteriormente, gracias a los esfuerzos heroicos de sus compañeros noruegos, Jan fue transportado hasta la frontera con Finlandia, donde fue confiado a los cuidados de los samis, quienes lo transportaron en trineo a través de Finlandia hasta alcanzar Suecia, que era neutral en la guerra y donde por fin podía considerarse a salvo. Tras pasar siete meses en un hospital sueco en Boden, voló al Reino Unido en un avión Mosquito de la Royal Air Force, tras lo cual fue enviado a Escocia para ayudar a entrenar a otros compatriotas noruegos que regresaban a Noruega para seguir la lucha contra los alemanes.

Sobre estos hechos se escribió un libro, "Nosotros Morimos Solos", de David Howarth, y se realizaron dos películas, "Nine Lives" (la que fuera nominada para mejor película extranjera en 1957) y "El Duodécimo Hombre" (2017), película que se proyecta esta semana en el MUNA dentro del Festival MusaEscandinavia.

Se retiró a Tenerife en 1962, falleciendo aquí el 30 de diciembre de 1988.

En su honor se celebra cada mes de julio en Troms una marcha anual, en la que los participantes siguen su camino para la fuga durante nueve días. Un prado en Oppegård es denominado Baalsrud plass en su honor.