Tras estudiar latinidad en el Colegio de su villa natal, que había sido de los Jesuitas, bajo la tutela de José Acosta y Brito*, se traslada a Las Palmas de Gran Canaria, donde cursa la carrera eclesiástica en el Seminario Conciliar. Primeras dificultades con la Inquisición. En 1793 es clérigo tonsurado, y en 1795 desempeña como interino la cátedra de Filosofía en dicho Seminario. En 1797 pasa a la Universidad de Alcalá de Henares donde estudia Derecho. En 1799, de nuevo en el Seminario Conciliar de Las Palmas de Gran Canaria, donde ejerce como profesor de Lógica, Metafísica y Física. Vuelve a la Península, donde adquiere el grado de Bachiller en Derecho Civil, en 1800. Entre 1803 y 1805, es de nuevo profesor en el Seminario de Las Palmas. Procesado en 1804 como sospechoso de haber contribuido a la huida de un grupo de presos, entre los cuales se hallaba, al parecer, su hermano Roberto, sería puesto en libertad porque dicha implicación no pudo ser probada. Nuevo viaje a la Península en 1806, para licenciarse en Derecho Civil y Canónico en la Universidad de Osuna. Ese mismo año, tiene a su cargo en el Seminario de Las Palmas la cátedra de Filosofía. Obtiene por oposición la canonjía Doctoral de la Catedral de Las Palmas, de la que toma posesión en 1808. Se aparta entonces de la labor docente, en la cual había desarrollado iniciativas renovadoras, de acuerdo con las ideas de la Ilustración.
Miembro de la tertulia que los hermanos Martínez de Escobar* mantenían en su casa. En 1808, al crearse la Junta Suprema y producirse las primeras fricciones entre Tenerife y Gran Canaria, por el pleito insular, Afonso publica una serie de composiciones satíricas referidas al asunto. Diputado al Congreso, en el bienio 1822-1823, afiliado a la tendencia más liberal y partidario de declarar la incapacidad de Fernando VII. Al reinstaurarse el absolutismo y disueltas las Cortes, debe exiliarse. Marcha primero a Venezuela y pasa, luego, a la isla de Trinidad (1825-1837), colonia inglesa por entonces, en donde desempeña un curato y donde escribe la mayor parte de su obra literaria. Pasa unos meses en la isla de Puerto Rico, para regresar por fin a Gran Canaria en 1838. Recupera su canonjía como Doctoral y publica algunas de sus obras. Será objeto de diversos procesos por parte de la Inquisición, por tenencia de libros prohibidos o por difundir proposiciones heréticas. Colabora en la fundación del Colegio de San Agustín*, primer centro docente no religioso de Gran Canaria. La mayor parte de su obra se ha mantenido inédita, en la copia manuscrita que de ella realizara Juan Padilla y Padilla, uno de los fundadores del Museo Canario*. Entre las publicadas: El beso de Abibina (1830), que reúne composiciones poéticas propias y traducciones de Anacreonte y de Museo; la traducción de Ensayo sobre la Crítica, de Alexander Pope (1840); El juicio de Dios o la Reina Ico (1840 y 1841, primero como folletón en El Defensor de Canarias*); la traducción de El rizo robado, de Alexander Pope (1851); la traducción de la Eneida y las Églogas, de Virgilio (1853-1855); Las hojas de la encina o San Diego del Monte. Leyenda Canaria (1853), que incluye la “Oda al Teide”; la traducción del Tratado de Arte Poética, de Horacio (1856) y diversas composiciones en El Porvenir de Canarias*, en El Museo Canario* o en La Aurora*. Fue traductor también de Milton y de Chaucer.